论文管理采取严格的过程管理和阶段考核方式，包括论文选题和开题，确定“双导师”，论文初期检查，论文中期检查，论文提交送审，预答辩和答辩等环节。中葡方导师全程参与各个环节。除学员按照自订的论文进度计划得到中葡方导师指导之外，定期中葡双方还将联合组织正式的论文进度集中检查。学员提交的博士学位论文终稿要求为英文版。答辩环节由每位学员到ISCTE向由中葡双方组成的答辩委员会进行公开的现场论文陈述和答辩。